深圳大学环境工程系创建于2009年，是深圳市最早的环境类本科专业。师资来于清华大学、北京大学、浙江大学及境外美国加州大学、香港科技大学、新加坡国立大学等国际著名高校培养的环境工程类博士。现有研究方向包括：难降解有毒有机废水的物化处理技术、重金属废水处理及资源化成套技术开发、黑臭水体及污染土壤生态修复技术及机理的微生物组学解析、新兴污染物在深圳区域环境介质中的环境化学行为等。建立有“广东省环境工程虚拟仿真实验教学中心”、“深圳市环境化学与生态修复重点实验室”等高水平教学平台和研究机构，为区域环境问题的解决和可持续发展战略的实施提供技术服务、理论支持和决策支撑，成为深圳市重要的高水平环保人才培养基地和科研中心。
　　师资队伍包括广东省“千百十人才”省级培养对象1人、深圳市孔雀计划人才5人、深圳高层次地方级领军人才1人、深圳大学荔园优秀青年教师2人；并获得教育部高等学校科学研究优秀成果奖自然科学一等奖和中国环境科学学会“优秀环境科技工作者奖”、“青年科技奖”等荣誉。
　　环境工程系拥有一个市级科研平台：深圳市环境化学与生态修复重点实验室。
　　环境工程系与深圳市水务集团、深圳市城市废物处置中心（郁南环境园）、东江环保、中兴生态环境研究院等企业建立战略合作关系。与清华大学、浙江大学、同济大学、环保部华南环科所等高校院所建立联合培养学生的长效机制。与中科院生态环境中心、中科院先进技术研究院、深圳市检验检疫局食品检验检疫技术中心、深圳市疾控中心等单位建立科研合作关系。