食品科学与工程系成立于2006年1月，其前身是深圳大学理学院应用化学专业食品科学与工程方向。2012年9月，深圳大学与深圳职业技术学院联合招收首届应用本科专业食品科学与工程专业。经过十年的快速发展，逐渐整合形成了食品生物技术应用、功能性食品开发与应用、食品安全检测、氨基酸与动物性食品工程等4个研究方向和研究团队。始终将培养动手能力强、理论基础知识扎实、视野开阔的高层次人才作为首要任务，已为社会培养大批德才兼备的优秀毕业生。目前，毕业生在深圳和珠三角就业前景良好，主要在食品及相关领域从事食品加工和生产技术管理、品质控制、产品研发、营养咨询、健康指导及市场营销等工作的高素质技术技能型专门人才。优秀学生还可在食品科学、食品工程、食品质量与安全等专业继续攻读研究生。
　　食品科学与工程系拥有一支敬业爱岗、专业特点鲜明、学术造诣精深的师资队伍和一批年富力强的中青年专家。其中，广东省“南粤优秀教师”1人，深圳市地方领军高层次专业人才2人，深圳市“孔雀计划”海外高层次专业人才1人。同时，还聘请相关企业行业专家组成了兼职教师队伍。
　　近几年来，食品系逐步形成了几个具有多学科交叉特色的研究方向，科研经费总量持续增长，在基于保护研究、高分子材料与精细化学品工程技术开发、生物活性物质功效及应用研究、农业文化创意与营销研发、园林植物栽培与应用研究、抗菌肽研究等领域取得了创新性的研究成果，形成了自己的特色和优势。依托学院建立的重点研究机构有：深圳市发酵精制检测系统重点实验室、深圳生化分析检测公共服务平台。先后主持各类科研项目50余项，其中国家自然科学基金5项，省级项目4项，博士后基金2项，省教改项目1项，市级项目7项。
　　食品科学与工程系积极开展国际国内合作与交流，为开放式办学、培养创新人才创造了良好的条件。与中国科学院、江南大学、深圳市农产品检验检测中心、深圳市出入境检验检疫局等高校和研究院所建立了密切的学术与科研合作关系。还与英国都柏林理工学院联合培养本科生和硕士研究生，与深圳职业技术学院联合培养本科生，已有部分优秀学生考入国外大学继续深造，并学成回国。