能源工程系是在深圳大学新能源设计研究所和深圳大学化学与化工学院的基础上筹建而成的，于2012年正式开始招收新能源科学与工程专业本科生，是广东省最早开设该专业的院系之一，2015年被认定为“广东省高等学校战略新兴产业特色专业”。经过5年的快速发展，已建立了“深圳市新型锂离子电池与介孔正极材料重点实验室”，初步形成了太阳能光热/光伏利用、电化学能量转换与储存器件、生物质能技术、超级电容器、能效监测与评估等研究方向和团队，相关投入累计超过2000万。能源工程系教师100%拥有博士学位，70%具有境外（香港、英国、丹麦、瑞典）博士学位或留学经历，近年来承担了多项国家级、省级、市级科研项目和广东省“质量工程”教学改革项目。
　　能源工程系拥有市级科研平台：深圳市新型锂离子电池与介孔正极材料重点实验室。
　　能源工程系产学研合作紧密，与深圳市山木新能源科技股份有限公司、深圳市拓日新能源科技股份有限公司、深圳市燃气集团等企业建立了战略合作关系。与浙江大学、香港理工大学、香港大学、丹麦科技大学等高校建立了科研合作和联合培养学生的长效机制。